Metagenomika apibrėžiama kaip tiesioginė genetinė genomų, esančių su aplinkos mėginiu, analizė Ši sritis iš pradžių prasidėjo aplinkos DNR klonavimu, po kurio sekė funkcinės ekspresijos patikra [1], ir greitai buvo papildyta tiesiogine atsitiktine aplinkos DNR sekos nustatymu šautuvu [2, 3].
Kas yra metagenomikos procesas?
Metagenomika apima DNR gavimą iš visų bendruomenėje esančių mikroorganizmų, nebūtinai identifikuojant visų susijusių rūšių. Nustačius genų seką ir palyginus su nustatytomis sekomis, galima nustatyti šių genų funkcijas.
Kokia technika naudojama metagenomikoje?
Mikrobų bendruomenės mėginys paimamas iš jūros vandens, nuosėdų, gyvūno šeimininko ar kitos jūros buveinės. Tada surinktos ląstelės lizuojamos ir iš jų lizato ekstrahuojama DNR. Metodagenomika įmanomą suteikia shotgun sekvencija, kuri netiksliai sekvenuoja atsitiktines DNR sritis.
Kokie yra 3 metagenomikos tyrimo žingsniai?
Metagenomikos žingsniai ir procesas:
- Pavyzdžių rinkinys:
- DNR ekstrahavimas:
- Pavyzdžio paruošimas:
- Pavyzdžio analizė:
Kaip atliekama funkcinė metagenomika?
Funkcinė metagenomika apima DNR išskyrimą iš mikrobų bendruomenių, siekiant ištirti koduotų b altymų funkcijas. Tai apima DNR fragmentų klonavimą, genų ekspresiją surogatiniame šeimininke ir fermentinės veiklos patikrinimą.
