BLAST yra kompiuterinis algoritmas, kurį galima naudoti internetu Nacionalinio biotechnologijos informacijos centro (NCBI) svetainėje ir daugelyje kitų svetainių. BLAST gali greitai sulygiuoti ir palyginti užklausos DNR seką su sekų duomenų baze, todėl tai yra svarbi priemonė atliekamiems genominiams tyrimams.
Ar BLAST yra pirminė duomenų bazė?
BLAST yra plačiausiai naudojama programinė įranga bioinformatikos tyrimuose. Pagrindinė jo funkcija yra palyginti dominančią seką, užklausos seką, su sekomis didelės duomenų bazės BLAST, tada praneša apie geriausias duomenų bazėje rastas atitiktis arba „patikimus“. Ši paprasta programa turi dvi pagrindines programas.
Ar NCBI yra duomenų bazė?
NCBI yra daugybė duomenų bazių, susijusių su biotechnologijomis ir biomedicina ir yra svarbus bioinformatikos įrankių ir paslaugų š altinis. Pagrindinės duomenų bazės apima „GenBank“DNR sekoms ir „PubMed“– biomedicininės literatūros bibliografinę duomenų bazę. Kitos duomenų bazės apima NCBI Epigenomics duomenų bazę.
Ar BLAST naudojamas tik NCBI duomenų bazėse?
BLAST galima rasti internete NCBI svetainėje. Galimi įvairūs BLAST tipai pagal užklausų sekas ir tikslines duomenų bazes.
Kaip veikia BLAST duomenų bazė?
Kaip veikia BLAST? BLAST identifikuoja homologines sekas, naudodamas euristinį metodą, kuris iš pradžių randa trumpus atitikmenis tarp dviejų sekų; taigi metodas neatsižvelgia į visą sekos erdvę. Po pradinės atitikties BLAST bando pradėti vietinį lygiavimą nuo šių pradinių atitikčių.
